В настоящий момент регистрации подлежит именно переход права собственности. Если из договора купли-продажи перехода права не возникает, регистрировать переход права собственности будет невозможно.
Возможен вариант когда жилье будет находиться в залоге у продавца до момента полной оплаты. Таким образом, вы заключаете договор купли-продажи. В договор необходимо будет включить условие о регистрации залога (ипотеки) в пользу продавца в связи с не полной оплатой стоимости квартиры (ст. 488 ГК РФ). В силу закона такое условием можно не прописывать явно, т.к. закон содержит формулировку "Если иное не предусмотрено договором купли-продажи". После оплаты средств материнского капитала залог необходимо будет снимать. В этом случае вы сможете принести в Пенсионный фонд зарегистрированный договор купли-продажи с условием об отсрочке оплаты. Примерные образцы договоров приведены в теме форума "Договор купли-продажи по материнскому капиталу".
Большое количество ответов о материнском капитале содержится в теме форума "FAQ о материнском капитале".